Nacido en Mannheim en el año 1856. Es enviado como embajador Estadounidense a la Sublime Puerta de Constantinopla en 1913.

Es allí cuando se adentra sobre la Causa Armenia. Realiza gran serie de entrevistas con los miembros del partido Ittihad (Jóvenes Turcos), especialmente con el Ministro del Interior de ese entonces: el Gran Visir Mehmed Talaat Pasha.

Desde 1916 que empieza a recurrir a sus contactos para recaudar ayuda económica a los huérfanos y refugiados armenios.Impulsa para que se forme el Near East Relief, organización que se ocuparía de ayudar a los sobrevivientes armenios y asirios en toda la Anatolia y Medio Oriente.

En aquel año también quiso pubblicar su famosa historia «Ambassador Morgenthau´s Story» (La Historia del Embajador Morgenthau). Dado a presiones gubernamentales el libro sale a la luz en 1918. Uno de los capítulos de aquél libro es titulado «The murder of a nation» (El asesinato de una nación) en el cual describe las masacres que sufrieron los armenios de manera detallada de manera que éste texto ha tomado una relevancia muy importante como fuente fehaciente sobre la veracidad de los hechos ocurridos.

Henry Morgenthau también fue quién impulsó la creación una nueva Armenia mediante el Tratado de Sevres.

No obstante ello, su figura es discutida hoy en día ya que su involucración con movimientos zionistas como el B´nai B´rith, que hasta el día de hoy se muestran indiferentes y hasta negativistas para con la cuestión armenia, hacen replantear cual fue la verdadera misión de Henry Morgenthau Jr. en el Imperio Otomano.

Sus cenizas hoy descansan en el Dzidzernagapert, mausoleo que recuerda a las víctimas del Genocidio Armenio.